"Obrót towarowy" jest podstawowym modułem systemu MerSoft. W jego skład wchodzą następujące elementy:

• Dokumenty zakupu i sprzedaży
  Program pozwala na wystawianie typowych dokumentów zakupu i sprzedaży, korekt, a także przygotowanych na specjalne życzenie Klientów dokumentów niestandardowych. System posiada obsługę zamówień klientów oraz generator zamówień do dostawców w oparciu o zamówienia klientów, stany magazynowe, analizę sprzedaży za wskazany okres, itp.
• Magazyny
  System pozwala na obsługę wielu magazynów. W każdym magazynie można umieszczać towary, składniki do produkcji, wyroby gotowe, opakowania zwrotne. Istnieje możliwość zdefiniowania dodatkowych jednostek miar i opakowań zbiorczych, automatycznej kompletacji w zestawy towarów przy sprzedaży lub podpowiedzi towarów skojarzonych z wybranym oraz lista towarów "podobnych".
• Produkcja
  Moduł obsługuje: zlecenia produkcyjne, receptury produkcyjne, rozliczanie ilościowe elementów zużytych do produkcji. System obsługi przepływu dokumentów: magazyn główny, magazyn (stanowisko) produkcyjny, magazyn wyrobów gotowych. Również obsługa "usługi zewnętrznej". Istnieje możliwość grupowania z danym zleceniem produkcyjnym dowolnego typu dokumentu. Możliwość wprowadzania "receptur" produkcyjnych i powiązań pomiędzy półproduktami. Rozliczanie rzeczywistych ilości surowców zużytych do produkcji w zestawieniu ze stanami recepturowymi, analizy, obsługa gniazd kosztowych.
• Cenniki
  Przypisanie kilku cen do artykułu (np. cena detaliczna, hurtowa, fabryczna), ustalanie cen na podstawie marży bądź narzutu, wykorzystywanie różnych cenników dla odbiorców, import cenników zewnętrznych, a także przypisanie do indeksu towarowego algorytmu naliczania ceny uzależnionej na przykład od wielkości zakupów i indywidualnych rabatów dla danego kontrahenta.
• Rozliczenia z kontrahentami
  Bezpośrednio z modułu dostępne są rozliczenia z kontrahentami, odbiorcami i dostawcami, a także: kompensaty dokumentów, wydruk wezwań do zapłaty i zestawień dotyczących płatności i analiz. Każdemu odbiorcy można określić maksymalny kredyt.
• Dokumenty kosztowe
  Bezpośrednie wprowadzanie dokumentów kosztowych pozwala na bieżące śledzenie i realizację rozliczeń, analizę kosztów i podatku VAT. Obsługa jest podobna do wprowadzania dokumentów magazynowych, co pozwala osobie nie posiadającej doświadczenia księgowego rejestrować takie dokumenty.
• Kasa i bank
  Moduł zawiera pełną obsługę dokumentów kasowych, takich jak: KP, KW, polecenie przelewu, raport kasowy, a także bankowych: wyciągi, raporty bankowe itp.
• Zestawienia i raporty
  System MerSoft daje dostęp do szerokiej gamy zestawień dotyczących każdego aspektu działalności biznesowej. Szczegółowe i ogólne zestawienia dostaw, sprzedaży, finansowe i inne, tworzone na bieżąco, zapewniają stałą kontrolę nad aktualną sytuacją firmy. Dodatkowe zestawiania dokumentów przypisanych do konkretnego użytkownika systemu lub pracownika firmy ułatwiają kontrolę załogi (np. rozliczanie akwizytorów).
• Integracja
  Zapewnia stale aktualne dane w systemie, powoduje brak konieczności wielokrotnego wprowadzania tych samych dokumentów. Na przykład kluczowa w każdej firmie zależność pomiędzy modułem obrotu towarowego a finansowo-księgowym została sprowadzona do określenia algorytmów księgowania poszczególnych dokumentów tak, aby na etapie księgowania wymagały one jedynie zatwierdzenia.